מיקומה של פרשת משפטים נראה תמוה, משתי סיבות. ראשית, פרשת יתרו מסיימת בהלכות הקשורות למזבח.
ולכן המשכה הטבעי הוא פרשת תרומה, העוסקת בבניית המזבח והמקדש.
שנית, הגמ' בכריתות (ט.) אומרת, שעם ישראל נכנס לברית עם הקב"ה במילה, בטבילה ובזריקת דם. זריקת הדם התבצעה במסגרת ברית האגנות, המתוארת בהמשך פרשתנו (פרק כ"ד). אירוע זה הוא, אפוא, חלק בלתי נפרד ממעמד הברית של עם ישראל והקב"ה בהר סיני, וממילא יש לתמוה על כך שהתורה 'חתכה' את מעמד הר סיני לשניים, והכניסה בין שני החלקים את פרשת משפטים, העוסקת בעיקר בדיני ממונות שונים.